file (unter Linux):
~/.ipython/ipy_user_conf.py

def main():
  o = ip.options
  # An example on how to set options
  #o.autocall = 1
  o.autoexec.append('%colors LightBG')
main()

Öffnet iPython dauerhaft mit dem Shema LightBG.

(in der shell selbst funktioniert das mit %colors LightBG)